
Taman Nasional Manusela merupakan perwakilan tipe ekosistem pantai, hutan rawa, hutan hujan dataran rendah dan hutan hujan pegunungan di Maluku. Tipe vegetasi yang terdapat di taman nasional ini yaitu mangrove, pantai, hutan rawa, tebing sungai, hutan hujan tropika pamah, hutan pegunungan, dan hutan sub-alpin.
Beberapa jenis tumbuhan di taman nasional ini antara lain tancang (Bruguiera sexangula), bakau (Rhizophora acuminata), api-api (Avicennia sp.), kapur (Dryobalanops sp.), pulai (Alstonia scholaris), ketapang (Terminalia catappa), pandan (Pandanus sp.), meranti (Shorea...